人気アニメシリーズの劇場版第2弾。爆破事件をきっかけに、戦時下の様相を呈してゆく東京の姿をリアリティ溢れる演出で描く。
2002年。突如、横浜ベイブリッジが爆破される事件が発生。それが自衛隊の戦闘機から発射されたミサイルによるものであると報道されたことから、各地の自衛隊駐屯地に警察が警備出動する。自衛隊と警察の睨み合いにより、緊張感を高めてゆく国内情勢。自衛隊の情報部員・荒川の協力を得た特車二課の後藤隊長は、事件の裏に東南アジアでのPKO活動後、行方不明になった元自衛隊員・柘植が存在していることに気付くのだが…。
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