世界の押井守による人気アニメシリーズ初の劇場版。ロボットの暴走を企むサイバーテロに、警視庁特車二課の面々が立ち向かう。
東京湾の土地問題を解消するための洋上工事計画“バビロン・プロジェクト”が進行中の東京で、レイバーの暴走事故が多発。いずれのケースも、新型OSを導入したレイバーが関わっていることに気付いた警視庁特車二課の篠原遊馬は、真相の解明に乗り出す。やがて、それが新型OSに仕組まれたウイルスによるサイバーテロであることが判明するが、開発者は既に死亡。大規模な犯行計画の実施日が迫る中、特車二課はその阻止に挑む。
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