ブルース・ウィリス、ブラッド・ピットの二大スターが共演。人類の危機を救うため、過去にタイムスリップした男の奮闘を描く。
20世紀末。突如発生した謎のウィルスにより、人類の99%は死滅し、残されたわずかな人類は地下での生活を余儀なくされていた。その原因を探るため、科学者グループは囚人コールを過去の世界に送り込む。人類滅亡の元凶とみられる“12モンキーズ”という謎の言葉を手掛かりに、コールは1996年の世界に旅立つが、機械の故障で1990年のフィラデルフィアに来てしまう…。
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